Естественный ареал японских макак простирается до севера острова Хонсю. Рост самцов составляет 80–95 сантиметров, вес — 12–14 килограммов. Самки ниже и имеют массу примерно в 1,5 раза меньше.

Обезьяны имеют красную кожу и густую тёмно-серую шерсть с коричневатым оттенком, покрывающую всё тело, за исключением морды, рук и ягодиц. Хвост у японских макак короткий, не длиннее 10 сантиметров. Беременность длится 170—180 дней, рождается один детёныш весом около 500 граммов. Рождение сразу двух и более детей происходит редко. Живут макаки в среднем 25–30 лет.